Osídlenie je doložené pohrebiskom skupiny východoslovenskej mohylovej kultúry z konca eneolitu a začiatku doby bronzovej, sídliskové nálezy sú z obdobia keltsko dáckeho a slovanského osídlenia. Najstaršie písomné zmienky o obci sú v listine jágerskej kapituly z roku 1329.
Vznik Bánoviec však súvisel so staršou zaniknutou osadou Kupona, ktorá ležala na pravom brehu Ondavy. Na mieste dnešnej obce bol pravdepodobne majer, kam chodievali obyvatelia Kupony pracovať, ale nakoniec sa tu natrvalo usadili, nakoľko im Ondava rozvodňovaním robila veľké škody. To bolo aj príčinou neskoršieho zániku osady, len starý zvon z kuponskej kaplnky bol potom umiestnený v bánovskej zvonici.
Bánovce nad Ondavou sa postupne uvádzajú ako Banoch /1342/, Banowsze /1773/, Bánovce /1920/ a od r.1927 Bánovce nad Ondavou.